《政府采購法》和《招標投標法》兩者調整的是不同的法律關系，有嚴格的區別。政府采購是政府改革財政支出管理、調節經濟運行的一種基本制度，其著重點是要解決政府內部財政資金如何支出的問題，屬于政府內部事務；而招標投標是業主率先提出工程采購的條件和要求，邀請眾多投標人參加投標并按照規定格式從中選擇交易對象的一種市場交易行為。
以下是它們之間的區別和適用范圍。
從特點來看，主要有以下幾方面：
一是資金來源的公共性。政府采購資金來源于納稅人的稅收和政府公共服務費，因此在很大程度上，政府采購部門充當了管理人的職能。
二是非營利性。政府采購是非商業性、非營利性的購買行為，采購目的是通過購買物資等為政府部門提供消費品和向社會提供公共服務。
三是規范性。現代國家都制定了一整套較完善的政府采購法規和條例，政府的任何采購活動都必須按規定的形式進行并接受社會監督。
四是政策性。政府采購是政府施政行為的體現，也是政府落實方針政策的關鍵環節，政府的多項方針政策都可以通過政府采購來實現。政府采購制度已形成財政、審計、供應商和社會各方位參與的機制。這些與招標投標有著本質的區別，政府采購具有相對獨立的運行和管理制度，以上特點是招標投標所不具備的。
政府采購和招標投標在法律規范上有著本質的不同，因為政府采購與招標投標活動分別屬于兩部不同的法律規范，其立法宗旨、目標、性質、實施主體、組織形式等方面是完全不同的。
《招標投標法》是1999年全國人大常委會專門制定的用于指導招標投標活動的程序法，《政府采購法》是2003年全國人大專門為規范政府采購行為制定的一部實體法。為何在《招標投標法》出臺3年后，還要頒布實施《政府采購法》，其根本在于兩部法律的主要內容、調整范圍不同。
《招標投標法》主要是對招標的程序、內容進行規范，盡管該法也涉及政府采購，但僅限于通過招標投標方式所進行的采購，對于其他采購方式無法解決。因此，《招標投標法》只是有關招標方面的一部基本性法律，而非一部全面的政府采購法律。
《政府采購法》和《招標投標法》兩者調整的是不同的法律關系，有嚴格的區別。政府采購是政府改革財政支出管理、調節經濟運行的一種基本制度，其著重點是要解決政府內部財政資金如何支出的問題，屬于政府內部事務；而招標投標是業主率先提出工程采購的條件和要求，邀請眾多投標人參加投標并按照規定格式從中選擇交易對象的一種市場交易行為。
1、法律界定的范圍不同：政府采購涵蓋了使用財政性資金的所有采購活動，包括貨物、服務和工程。其中服務項目的采購又屬政府采購獨有，如會議定點、加油、保險、印刷等。招標投標范圍只有建設工程和相關貨物，不包含服務。
2、實施的主體不同：遵照《政府采購法》的規定，各級政府依法成立一個政府采購中心管理政府內部的采購事務，該中心是一個純服務性機構，承擔實施本級政府采購集中采購目錄內的項目，其經費列入財政預算。根據政府采購的特殊性，大多數的省從實行政府采購制度伊始就設立了獨立的采購中心。對招標投標而言，國家有關部門批準登記設立的各類建設工程招投標機構，其性質屬于營利性企業，不是政府的內設機構，沒有行政職能。
3、組織形式有區別：政府采購是由財政部門、政府采購中心、采購人、評標專家、供應商、監察、審計機關等多方共同參與采購工作，實行'采、管”分離，并接受紀檢部門的全程監督，在程序、方式、人員等方面具有很強的規范性，以便更有利于實現“三公”原則和避免暗箱操作的制度。而招標投標是由業主單位加招標機構和投標企業，有時甚至是兩方組織完成的采購活動。
4、資金保障不同：政府采購實行嚴格的預算管理，并有堅實的預算資金作為保障，由國庫統一集中支付，減少了撥款環節，避免了資金流失占用和拖欠資金等弊端，維護了政府形象。而招投標不具有上述特點。
5、服務結果不同：政府采購中心作為政府內部的服務機構不收取任何費用，同時對政府采購資金的節余部分全部歸財政，充分體現了反腐倡廉目的，這是招標投標企業所無法做到的。
6、工作職能不同：《政府采購法》從機構性質、工作任務等方面對集中采購機構職能做了明確規定。
《國務院辦公廳轉發財政部關于全面推進政府采購制度改革意見的通知》（國辦發 [2003]74號）文件再次明確了集中采購機構的性質和作用，指出要“充分發揮集中采購機構在全面推進政府采購改革中的重要作用”，并對集中采購機構的行政職能做了進一步的明確規定：“集中采購機構要接受委托，認真組織實施政府集中采購目錄中的項目采購，制訂集中采購操作規程，負責集中采購業務人員的培訓。”這既是法律法規的強制性規定，又是法律授予集中采購機構的重要職能。
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